目前，农业生产中存在的土壤管理问题比较严重，已经在很大程度上影响了农业生产的正常进行。
一是有机物质含量出现两个极端。一方面大部分农田土壤由于有机肥料的补充不足或根本得不到补充，有机物质含量逐年下降；另一方面少部分保护地土壤由于有机肥料补充过量，土壤有机物质含量严重超出了适宜范围，其表现最为明显的就是土壤中植物病源菌数量大大增加，并由此造成化学农药的使用量逐年增加，农作物果实的农药残留量增加。
二是植物营养物质严重不平衡。由于常年施肥和土壤利用的不合理，土壤中某些营养物质出现严重失衡，大面积农田土壤出现了“贫血症”（即土壤中某些植物生长发育所需要的营养元素出现明显的缺乏）、“富积症”（即土壤中某些植物营养元素含量超出了适宜水平），由此既影响农产品的产量也造成了农产品质量的严重下降，使农产品中养分不平衡，最终将危及人类健康。
三是板结和老化现象日趋严重。由于土壤中有机物质含量的下降和老化，土壤耕作和管理的不合理，施肥种类的单一。目前农田土壤的板结现象和“越种越馋”现象普遍出现，致使土壤的生产力下降和施肥管理成本逐年加大。
四是污染现象明显加重。由于土壤在利用管理中的不注意，特别是施肥和使用农药存在的盲目性，农田土壤已经出现了严重的污染现象，土壤中有毒有害物质含量明显积累，致使植物出现污染，农产品果实中某些有毒有害物质含量超标。